Diplomado en Trombosis en la Era Genómica: Estudios de Secuenciación Masiva

Módulo 1. Trombosis en la era Genómica II: estudios de secuenciación masiva

1.1. Base genética y estudio molecular en trombosis y hemostasia

1.1.1. Epidemiología molecular en trombosis y hemostasia
1.1.2. Estudio genético de enfermedades congénitas
1.1.3. Abordaje clásico del diagnóstico molecular
1.1.4. Técnicas de diagnóstico indirecto o de ligamiento genético
1.1.5. Técnicas de diagnóstico directo

1.1.5.1. Cribado de mutaciones
1.1.5.2. Identificación directa de la mutación

1.2. Técnicas de secuenciación del DNA

1.2.1. Secuenciación tradicional de Sanger

1.2.1.1. Características de la técnica, limitaciones y aplicación en trombosis y hemostasia

1.2.2. Secuenciación de nueva generación o NGS

1.2.2.1. Plataformas NGS en diagnóstico molecular
1.2.2.2. Información general sobre la tecnología, las posibilidades y las limitaciones NGS versus secuenciación tradicional

1.2.3. Secuenciación de tercera generación (TGS)

1.3. Diferentes abordajes del estudio genético mediante NGS

1.3.1. Secuenciación de paneles de genes
1.3.2. Secuenciación completa del exoma y secuenciación del genoma completo
1.3.3. Transcriptómica por RNA-Seq
1.3.4. Secuenciación de MicroRNAs
1.3.5. Mapeo de interacciones proteínas–DNA con ChIP-Seq
1.3.6. Análisis de epigenómica y metilación del DNA por NGS

1.4. Análisis bioinformáticos de datos NGS

1.4.1. El reto del análisis bioinformático de los datos masivos generados por la NGS
1.4.2. Necesidades informáticas para la gestión y análisis de datos NGS

1.4.2.1. Almacenamiento, transferencia y uso compartido de datos NGS
1.4.2.2. Potencia informática necesaria para el análisis de datos NGS
1.4.2.3. Necesidades de software para el análisis de datos NGS
1.4.2.4. Habilidades bioinformáticas necesarias para el análisis de datos NGS

1.4.3. Base Calling, formato de archivo FASTQ y puntuación de calidad de la base
1.4.4. Control y preprocesamiento de calidad de datos NGS
1.4.5. Mapeo de lecturas
1.4.6. Llamadas de variantes
1.4.7. Análisis terciario
1.4.8. Análisis de la variación estructural mediante NGS
1.4.9. Métodos para la estimación de la variación del número de copias a partir de datos NGS

1.5. Concepto y tipos de mutación detectables por NGS

1.5.1. Etiología molecular de los trastornos trombóticos y hemorrágicos
1.5.2. Nomenclatura de las mutaciones
1.5.3. Implicación funcional de las variantes/mutaciones identificadas
1.5.4. Diferenciación entre mutación y polimorfismo

1.6. Bases de datos moleculares fundamentales en NGS

1.6.1. Bases de datos específicas de locus (LSMD)
1.6.2. Descripciones previas de la mutación en bases de datos
1.6.3. Bases de datos de variantes detectadas en población sana mediante NGS
1.6.4. Bases de datos moleculares con anotaciones clínicas

1.7. Análisis e interpretación de los resultados de la NGS en trombosis y hemostasia

1.7.1. Validación de las mutaciones
1.7.2. Concepto de patogenicidad de la mutación
1.7.3. Correlación genotipo-fenotipo

1.7.3.1. Estudios in silico
1.7.3.2. Estudios de expresión
1.7.3.3. Estudios funcionales in vitro

1.8. Papel de la NGS en asesoramiento genético y diagnóstico prenatal

1.8.1. Asesoramiento genético en la era NGS
1.8.2. Cuestiones éticas específicas de la NGS y la secuenciación del genoma completo para el asesoramiento genético y el diagnóstico clínico
1.8.3. Diagnóstico y métodos prenatales convencionales
1.8.4. Diagnóstico genético preimplantacional
1.8.5. Diagnóstico prenatal no invasivo

1.8.5.1. Uso de DNA fetal en la circulación materna para el diagnóstico prenatal
1.8.5.2. Secuenciación de SNPs del DNA fetal circulante
1.8.5.3. Limitaciones y desafíos de las pruebas prenatales no invasivas basadas en NGS
1.8.5.4. Implementación clínica de pruebas prenatales no invasivas para aneuploidías

1.9. Perspectivas de futuro en las tecnologías NGS y análisis de datos

1.9.1. Desarrollo tecnológico de la secuenciación a medio plazo
1.9.2. Evolución de las herramientas bioinformáticas para el análisis de datos de secuenciación de alto rendimiento
1.9.3. Estandarización y racionalización de los procesos analíticos NGS
1.9.4. Computación paralela
1.9.5. Computación en la nube