Máster en Oncología de Precisión: Genómica y Big Data

Módulo 1. Biología molecular

1.1. Mecanismos moleculares del cáncer

1.1.1. Ciclo celular
1.1.2. Desprendimiento de las células tumorales

1.2. Reprogramación del microambiente tumoral

1.2.1. El microambiente del tumor: una visión general
1.2.2. El TME como factor pronóstico del cáncer de pulmón
1.2.3. TME en progresión y metástasis del cáncer de pulmón

1.2.3.1. Fibroblastos Asociados al Cáncer (CAF)
1.2.3.2. Células endoteliales
1.2.3.3. Hipoxia en cáncer de pulmón
1.2.3.4. Inflamación
1.2.3.5. Células inmunológicas

1.2.4. Contribución del TME a la resistencia terapéutica

1.2.4.1. Contribución de TME a la resistencia a la radioterapia

1.2.5. El TME como blanco terapéutico en el cáncer de pulmón

1.2.5.1. Direcciones futuras

1.3. Inmunología tumoral: bases de la inmunoterapia en cáncer

1.3.1. Introducción al sistema inmune
1.3.2. Inmunología tumoral

1.3.2.1. Antígenos asociados a tumores
1.3.2.2. Identificación de antígenos asociados a tumor
1.3.2.3. Tipos de antígenos asociados a tumores

1.3.3. Bases de la inmunoterapia en cáncer

1.3.3.1. Introducción a los enfoques inmunoterapéuticos
1.3.3.2. Anticuerpos monoclonales en la terapia contra el cáncer

1.3.3.2.1. Producción de anticuerpos monoclonales
1.3.3.2.2. Tipos de anticuerpos terapéuticos
1.3.3.2.3. Mecanismos de acción de los anticuerpos
1.3.3.2.4. Anticuerpos modificados

1.3.4. Moduladores inmunes no específicos

1.3.4.1. Bacilo de Calmette-Guérin
1.3.4.2. Interferón-α
1.3.4.3. Interleucina-2
1.3.4.4. Imiquimod

1.3.5. Otros enfoques para la inmunoterapia

1.3.5.1. Vacunas de células dendríticas
1.3.5.2. Sipuleucel-T
1.3.5.3. Bloqueo de CTLA-4
1.3.5.4. Terapia de células T adoptivas

1.3.5.4.1. Terapia celular adoptiva con clones de células T
1.3.5.4.2. Terapia celular adoptiva con linfocitos infiltrantes de tumor

1.4. Mecanismos moleculares implicados en el proceso de invasión y metástasis

2.1. Utilidad del perfil de expresión génica en cáncer
2.2. Subtipos moleculares del cáncer de mama
2.3. Plataformas genómicas de carácter pronóstico-predictivo en el cáncer de mama
2.4. Dianas terapéuticas en cáncer de pulmón célula no pequeña

2.4.1. Introducción
2.4.2. Técnicas de detección molecular
2.4.3. Mutación EGFR
2.4.4. Translocación ALK
2.4.5. Translocación ROS
2.4.6. Mutación BRAF
2.4.7. Reordenamientos NRTK
2.4.8. Mutación HER2
2.4.9. Mutación/amplificación de MET
2.4.10. Reordenamientos de RET
2.4.11. Otras dianas moleculares

2.5. Clasificación molecular del cáncer de colon
2.6. Estudios moleculares en el cáncer gástrico

2.6.1. Tratamiento del cáncer gástrico avanzado
2.6.2. Sobreexpresión de HER2 en cáncer gástrico avanzado
2.6.3. Determinación e interpretación de sobreexpresión de HER2 en cáncer gástrico avanzado
2.6.4. Fármacos con actividad frente a HER2
2.6.5. Trastuzumab en primera línea de cáncer gástrico avanzado

2.6.5.1. Tratamiento del cáncer gástrico avanzado HER2+ después de la progresión a esquemas con trastuzumab

2.6.6. Actividad de otros fármacos anti-HER2 en cáncer gástrico avanzado

2.7. El GIST como modelo de investigación traslacional: 15 años de experiencia

2.7.1. Introducción
2.7.2. Mutaciones de KIT y PDGFRA como promotores principales en GIST
2.7.3. Genotipo en GIST: valor pronóstico y predictivo
2.7.4. Genotipo en GIST y resistencias al imatinib
2.7.5. Conclusiones

2.8. Biomarcadores moleculares y genómicos en melanoma
2.9. Clasificación molecular de los tumores cerebrales
2.10. Biomarcadores moleculares y genómicos en melanoma
2.11. Inmunoterapia y biomarcadores

2.11.1. Escenario de las terapias inmunológicas en el tratamiento del cáncer y necesidad de definir el perfil mutacional de un tumor
2.11.2. Biomarcadores del inhibidor del punto de control: PD-L1 y más allá

2.11.2.1. El papel de PD-L1 en la regulación inmune
2.11.2.2. Datos de ensayos clínicos y biomarcador PD-L1
2.11.2.3. Umbrales y ensayos para la expresión de PD-L1: una imagen compleja
2.11.2.4. Biomarcadores emergentes

2.11.2.4.1. Carga Mutacional Tumoral (TMB)

2.11.2.4.1.1. Cuantificación de la carga mutacional tumoral
2.11.2.4.1.2. Evidencia de la carga mutacional tumoral
2.11.2.4.1.3. Carga tumoral como biomarcador predictivo
2.11.2.4.1.4. Carga tumoral como un biomarcado pronóstico
2.11.2.4.1.5. El futuro de la carga mutacional

2.11.2.4.2. Inestabilidad de microsatélites
2.11.2.4.3. Análisis del infiltrado inmune
2.11.2.4.4. Marcadores de toxicidad

2.11.3. Desarrollo de fármacos de punto de control inmune en cáncer
2.11.4. Fármacos disponibles

Módulo 3. Cambios en la práctica clínica actual y nuevas aplicaciones con la oncología genómica

3.1. Biopsias líquidas: ¿moda o futuro?

3.1.1. Introducción
3.1.2. Células circulantes tumorales
3.1.3. ctDNA
3.1.4. Utilidades clínicas
3.1.5. Limitaciones del ctDNA
3.1.6. Conclusiones y futuro

3.2. Papel del Biobanco en la investigación clínica

3.2.1. Introducción
3.2.2. ¿Merece la pena hacer el esfuerzo de crear un Biobanco?
3.2.3. ¿Cómo se puede empezar a establecer un Biobanco?
3.2.4. Consentimiento informado para Biobanco
3.2.5. Toma de muestras para Biobanco
3.2.6. Control de calidad
3.2.7. Acceso a las muestras

3.3. Ensayos clínicos: nuevos conceptos basados en la medicina de precisión

3.3.1. ¿Qué son los ensayos clínicos? ¿En qué se diferencian de otros tipos de investigaciones?

3.3.1.1. Tipos de ensayos clínicos

3.3.1.1.1. Según sus objetivos
3.3.1.1.2. Según el número de centros participantes
3.3.1.1.3. Según su metodología
3.3.1.1.4. Según su grado de enmascaramiento

3.3.2. Resultados de los ensayos clínicos en Oncología torácica

3.3.2.1. Relacionados con el tiempo de supervivencia
3.3.2.2. Resultados relacionados con el tumor
3.3.2.3. Resultados comunicados por el paciente

3.3.3. Ensayos clínicos en la era de la medicina de precisión

3.3.3.1. Medicina de precisión
3.3.3.2. Terminología relacionada con el diseño de ensayos en la era de la medicina de precisión

3.4. Incorporación de los marcadores accionables en la práctica clínica
3.5. Aplicación de la genómica en la práctica clínica por tipo tumoral
3.6. Sistemas de soporte a las decisiones en oncología basados en inteligencia artificial

Módulo 4. Empleo de Unix y Linux en bioinformática

4.1. Introducción al sistema operativo Linux

4.1.1. ¿Qué es un sistema operativo?
4.1.2. Los beneficios de usar Linux

4.2. Entorno Linux e instalación

4.2.1. Distribuciones de Linux
4.2.2. Instalación de Linux usando una memoria USB
4.2.3. Instalación de Linux utilizando CD-ROM
4.2.4. Instalación de Linux usando una máquina virtual

4.3. La línea de comandos

4.3.1. Introducción
4.3.2. ¿Qué es una línea de comandos?
4.3.3. Trabajar en el terminal
4.3.4. El Shell, Bash

4.4. Navegación básica

4.4.1. Introducción
4.4.2. ¿Cómo conocer la localización actual?
4.4.3. Rutas absolutas y relativas
4.4.4. ¿Cómo moverse en el sistema?

4.5. Manipulación de archivos

4.5.1. Introducción
4.5.2. ¿Cómo construimos un directorio?
4.5.3. ¿Cómo movernos a un directorio?
4.5.4. ¿Cómo crear un archivo vacío?
4.5.5. Copiar un archivo y directorio
4.5.6. Eliminar un archivo y directorio

4.6. Editor de textos Vi

4.6.1. Introducción
4.6.2. ¿Cómo grabar y salir?
4.6.3. ¿Cómo navegar por un archivo en el editor de texto Vi?
4.6.4. Borrando el contenido
4.6.5. El comando deshacer

4.7. Comodines

4.7.1. Introducción
4.7.2. ¿Qué son los comodines?
4.7.3. Ejemplos con comodines

4.8. Permisos

4.8.1. Introducción
4.8.2. ¿Cómo ver los permisos de un archivo?
4.8.3. ¿Cómo cambiar los permisos?
4.8.4. Configuración de los permisos
4.8.5. Permisos para directorios
4.8.6. El usuario “Root”

4.9. Filtros

4.9.1. Introducción
4.9.2. Head
4.9.3. Tail
4.9.4. Sort
4.9.5. nl
4.9.6. wc
4.9.7. Cut
4.9.8. Sed
4.9.9. Uniq
4.9.10. Tac
4.9.11. Otros filtros

4.10. Grep y expresiones regulares

4.10.1. Introducción
4.10.2. eGrep
4.10.3. Expresiones regulares
4.10.4. Algunos ejemplos

4.11. Pipelines y redirección

4.11.1. Introducción
4.11.2. Redirección a un archivo
4.11.3. Grabar a un archivo
4.11.4. Redirección desde un archivo
4.11.5. Redirección STDERR
4.11.6. Pipelines

4.12. Manejo de procesos

4.12.1. Introducción
4.12.2. Procesos activos
4.12.3. Cerrar un proceso corrupto
4.12.4. Trabajos de primer plano y de fondo

4.13. Bash

4.13.1. Introducción
4.13.2. Puntos importantes
4.13.3. ¿Por qué el“./ ” ?
4.13.4. Variables
4.13.5. Las declaraciones